Федеральное агентство лесного хозяйства находится в ведении Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации.
ФАЛХ существляет свою деятельность непосредственно, через свои территориальные органы и подведомственные организации во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями.
Агентство осуществляет полномочия собственника в отношении федерального имущества, рассмотривает в установленном порядке ходатайств о переводе земель из одной категории в другую, рассматривает проекты схем территориального планирования субъектов Российской Федерации, организует лесное семеноводство;
формирует федеральный фонд семян лесных растений и выполняет также многие другие функции.