Заповедник создан 5 декабря 1986 года, его площадь — 659,9 тыс. га, это 100 км байкальского побережья, Байкальский хребет и бескрайняя тайга. Отсюда свой исток берет самая протяженная река России — река Лена.
Байкало-Ленский — самый крупный заповедник в районе озера Байкал, где представлены все ландшафты северного Прибайкалья: от реликтовых степей и горной лесостепи до среднегорной и горной тайги и высокогорья с гольцами, массивами кедрового стланика, горными тундрами и альпийскими лугами. Все ландшафты заповедника естественны и практически не нарушены деятельностью человека.
Заповедник служит огромным резерватом, где сохраняется высокая плотность баргузинского соболя, бурого медведя, выдры, кабарги, изюбря, дикого северного оленя и лося. Это генетический банк, хранящий всё разнообразие особо охраняемых видов животных и растений Прибайкалья.